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まぁ動物は貨物扱いですから基本的にケージ管理になるのは仕方ないでしょう。
旅客機だって盲導犬や介助犬を除きキャビンに入れることはできないのです。
船舶だから対応できたとも言えます。
衛生面でやはり動物は問題ありますし、他人目からしても堂々と歩かれるのも迷惑な存在で困ります。飼い主にとっては家族でも他人からすればただの不衛生な存在ととられても何ら不思議はありません。あとは鳴き声じゃないでしょうか。
動物だから鳴くのは当然と当事者は思っても、他人からすればただの騒音源です。
とはいえ運行船側がきっちりと専用室の殺菌など衛生管理を維持できてコスト的に釣り合うことができるのであれば今後は増えていくのかもしれませんね。